Yazar
Sefer, Emre, Eralp, B.
Basım Tarihi
2024-05-20
Basım Yeri
-
BMC
Konu
Referanssız
Tür
Süreli Yayın
Dil
İngilizce
Dijital
Evet
Yazma
Hayır
Kütüphane
Özyeğin Üniversitesi
Kayıt Numarası
f8678d49-d3ca-44f0-941b-498042626ea1
Lokasyon
Bilgisayar Bilimi
Tarih
2024-05-20
Notlar
TÜBİTAK
Örnek Metin
Arka Plan Kanserli hücrelerin kimliği, genomik varyasyonlar, epigenetik ve transkripsiyonda yer alan düzenleyici varyasyonlar gibi birçok faktörün bir karışımı yoluyla belirlenir. Transkriptom ekspresyonundaki farklılıklar ve peptitlerdeki anormal yapılar fenotipik farklılıkları belirler. Bu nedenle, toplu RNA-seq ve daha yeni tek hücreli RNA-seq verileri (scRNA-seq), patojenik farklılıkları tanımlamak için önemlidir. Bu durumda, bir referansa ihtiyaç duymayan patojenik varyasyonları ayrıntılı olarak tanımlamak için dizilerin k-mer ayrıştırmasına güveniriz, bu nedenle dizilerin bir referansa göre hizalanmasına bağlı olarak daha geleneksel Yeni Nesil Dizileme (NGS) analiz tekniklerinden daha iyi performans gösterir. Sonuçlar Özofagus ve glioblastoma kanseri hastaları üzerinde hizalamadan bağımsız analizimiz aracılığıyla, birden fazla farklı konumdaki (tekrarlar, intergenik bölgeler, ekzonlar, intronlar) yüksek frekanslı varyasyonlar yanı sıra birçok farklı form (füzyon, poliadenilasyon, birleştirme vb.) keşfedilebilir. Ek olarak, daha az odaklanmış olayların önemini, bu olayların tümör prognozu, tümör tahmini, tümör neoantijen çıkarımı ve bunların bağışıklık mikro ortamıyla olan bağlantıları için göstergeler olarak kabul edildiği klasik bir transkriptom analiz hattında sistematik olarak analiz ettik. Sonuçlarımız, özofagus kanseri (ESCA) ve glioblastoma süreçlerinin, patojenik mikrobiyal RNA, tekrarlanan sekanslar, yeni ekleme varyantları ve uzun intergenik kodlayıcı olmayan RNA'lar yoluyla açıklanabileceğini göstermektedir. (lincRNA'lar). Referanssız süreç ve analiz uygulamamızın, tümör ve normal numunelerdeki diferansiyel scRNA-seq analizinde yardımcı olmasını bekliyoruz; bu da, kanserle ilişkili önemli olaylar için daha kapsamlı bir şema sunar.
DOI
10.1186/s12885-024-12331-5
Cilt
24
