استنتاج خالي من المراجع للأحداث النصية في الخلايا السرطانية على بيانات الخلية الواحدة
| العنوان | استنتاج خالي من المراجع للأحداث النصية في الخلايا السرطانية على بيانات الخلية الواحدة |
|---|---|
| المؤلف | سيفر، إمري، إيرالب، ب. |
| تاريخ النشر: | 2024-05-20 |
| مكان النشر | - بي إم سي |
| الموضوع | خالية من المرجع |
| النوع | دورية |
| اللغة | الإنجليزية |
| رقمي | نعم |
| مخطوط | لا |
| المكتبة: | جامعة اوزيجين |
| رقم السجل | f8678d49-d3ca-44f0-941b-498042626ea1 |
| موقع المكتبة | علوم الكمبيوتر |
| التاريخ | 2024-05-20 |
| ملاحظات | توبيتاك |
| نص عينة | الخلفية يتم تحديد هوية الخلايا السرطانية من خلال مزيج من العوامل المتعددة مثل الاختلافات الجينية، وعلم الوراثة اللاجينية، والاختلافات التنظيمية التي تشارك في النسخ. تحدد الاختلافات في تعبير النسخ وكذلك الهياكل غير الطبيعية في الببتيدات الاختلافات المظهرية. وبالتالي، فإن بيانات RNA-seq السائبة وأحدث بيانات RNA-seq أحادية الخلية (scRNA-seq) مهمة لتحديد الاختلافات المسببة للأمراض. في هذه الحالة، نعتمد على تحليل التسلسلات k-mer لتحديد الاختلافات المسببة للأمراض بالتفصيل والتي لا تحتاج إلى مرجع، لذلك فهي تتفوق على تقنيات تحليل تسلسل الجيل التالي (NGS) التقليدية اعتمادًا على محاذاة التسلسلات مع مرجع. النتائج من خلال تحليلنا الخالي من المحاذاة، على مرضى سرطان المريء والورم الأرومي الدبقي، توجد اختلافات عالية التردد عبر مواقع مختلفة متعددة (التكرار، المناطق الجينية، الإكسونات، الإنترونات) بالإضافة إلى أشكال متعددة ومختلفة (الانصهار، وعديد الأدينيلات، والربط، وما إلى ذلك) يمكن اكتشافها. بالإضافة إلى ذلك، قمنا بتحليل أهمية الأحداث الأقل تركيزًا بشكل منهجي في خط أنابيب تحليل النسخ الكلاسيكي حيث تعتبر هذه الأحداث بمثابة مؤشرات لتشخيص الورم، والتنبؤ بالورم، واستدلال المستضد الجديد للورم، فضلاً عن ارتباطها فيما يتعلق بالبيئة المكروية المناعية. (لينكرنا). نتوقع أن يكون تطبيقنا للعملية والتحليل الخالي من المراجع مفيدًا في التحليل التفاضلي للورم والعينات الطبيعية لـ scRNA-seq، والذي يقدم بدوره مخططًا أكثر شمولاً للأحداث الكبرى المرتبطة بالسرطان. |
| DOI | 10.1186/s12885-024-12331-5 |
| Cilt | 24 |
