استنتاج بدون مرجع رویدادهای رونویسی در سلول های سرطانی بر روی داده های تک سلولی
| عنوان | استنتاج بدون مرجع رویدادهای رونویسی در سلول های سرطانی بر روی داده های تک سلولی |
|---|---|
| نویسنده | سفر، امره، ارالپ، بی. |
| تاریخ انتشار: | 2024-05-20 |
| محل انتشار | - BMC |
| موضوع | بدون مراجعه |
| نوع | دوره ای |
| زبان | انگلیسی |
| دیجیتال | بله |
| نسخه خطی | خیر |
| کتابخانه: | دانشگاه اوزیغین |
| شماره ثبت | f8678d49-d3ca-44f0-941b-498042626ea1 |
| محل کتابخانه | علوم کامپیوتر |
| تاریخ | 2024-05-20 |
| یادداشتها | TÜBİTAK |
| متن نمونه | پیشینه هویت سلول های سرطانی از طریق ترکیبی از عوامل متعدد مانند تغییرات ژنومی، اپی ژنتیک و تغییرات تنظیمی که در رونویسی نقش دارند تعیین می شود. تفاوت در بیان رونوشت و همچنین ساختارهای غیر طبیعی در پپتیدها، تفاوت های فنوتیپی را تعیین می کند. بنابراین، دادههای RNA-seq حجیم و جدیدتر RNA-seq تک سلولی (scRNA-seq) برای شناسایی تفاوتهای بیماریزا مهم هستند. در این مورد، ما به تجزیه k-mer توالیها برای شناسایی جزئیات بیماریزایی که نیازی به مرجع ندارند تکیه میکنیم، بنابراین بهتر از تکنیکهای سنتی آنالیز توالییابی نسل بعدی (NGS) بسته به همترازی توالیها به یک مرجع است. مکانها (تکرارها، نواحی بین ژنی، اگزونها، اینترونها) و همچنین چندین اشکال مختلف (همجوشی، پلیآدنیلاسیون، اتصال، و غیره) قابل کشف هستند. علاوه بر این، ما اهمیت رویدادهای کمتر متمرکز را به طور سیستماتیک در یک خط لوله تحلیل رونوشت کلاسیک تجزیه و تحلیل کردهایم که در آن این رویدادها به عنوان شاخصهایی برای پیشآگهی تومور، پیشبینی تومور، استنتاج نئوآنتیژن تومور، و همچنین ارتباط آنها با توجه به ریزمحیط ایمنی در نظر گرفته میشوند. RNA، توالیهای مکرر، انواع پیوندهای جدید، و RNAهای غیر کدکننده بین ژنی طولانی (lincRNAs). ما انتظار داریم که استفاده از فرآیند و تجزیه و تحلیل بدون مرجع ما در تجزیه و تحلیل scRNA-seq دیفرانسیل تومور و نمونه های طبیعی مفید باشد، که به نوبه خود طرح جامع تری را برای رویدادهای مهم مرتبط با سرطان ارائه می دهد. |
| DOI | 10.1186/s12885-024-12331-5 |
| Cilt | 24 |
