Yazar
Sefer, Emre
Basım Tarihi
2021
Basım Yeri
-
Springer
Konu
Algoritmalar, Biyoinformatik, Epigenetik, Hi-C, Set kapağı
Tür
Belge
Dil
İngilizce
Dijital
Evet
Yazma
Hayır
Kütüphane
Özyeğin Üniversitesi
Demirbaş Numarası
978-303065350-7
Kayıt Numarası
053d5739-acf3-454a-befb-a9bc652ccc6c
Lokasyon
Bilgisayar Bilimi
Tarih
2021
Örnek Metin
Hi-C gibi kromozom konformasyon yakalama deneyleri, genomların üç boyutlu mekansal organizasyonunu haritalamak için kullanılır. Hi-C etkileşimleri herhangi bir histon modifikasyonuna karşı önyargılı olmasa da, önceki analizler birçok histon modifikasyonunun etrafında daha yoğun etkileşimleri ortaya çıkarmıştır. Bununla birlikte, Hi-C etkileşim grafiğindeki bu modifikasyonların eşzamanlı etkileri henüz tam olarak karakterize edilmemiştir ve bu da genom şekline ilişkin anlayışımızı sınırlamaktadır. Burada, Hi-C etkileşim grafiğini bilinen histon modifikasyonları açısından ayrıştırmak için Kapsama Hi-C'yi öneriyoruz. Kapsama Hi-C, her bir Hi-C etkileşiminin histon modifikasyon çiftleri tarafından kapsandığı çiftli set çoklu kaplamaya dayanmaktadır. H3K4me1, H3K4me3, H3K9me3, H3K27ac gibi 4 histon modifikasyonunun, türler ve hücre tipleri arasındaki çoğu Hi-C etkileşimini önemli ölçüde öngördüğünü bulduk. Kapsama Hi-C, başka bir tür veya hücre türleri üzerinde eğitilmiş olması koşuluyla, bir türdeki Hi-C etkileşimlerini ve topolojik olarak ilişkili alanları (TAD'ler) tahmin etmede oldukça etkilidir.
DOI
10.1007/978-3-030-65351-4_33
Cilt
944
