Yazar
Gilmour, S., Sefer, Emre
Basım Tarihi
2024-02-29
Basım Yeri
-
Springer Doğası
Konu
ÜFE, Ataların tarihinin yeniden yapılandırılması, Rastgele mutasyonlu çoğaltma-mutasyon, DMR
Tür
Belge
Dil
İngilizce
Dijital
Evet
Yazma
Hayır
Kütüphane
Özyeğin Üniversitesi
Demirbaş Numarası
1860-949X
Kayıt Numarası
e5a6dd92-74ba-49c8-9de5-9c9f2425f06d
Lokasyon
Bilgisayar Bilimi
Tarih
2024-02-29
Örnek Metin
Rastgele Mutasyonlu Çoğaltma-Mutasyon (DMR) modeli gibi biyolojik ağ evrimi ve grafik büyüme modelleri üzerine yapılan araştırmalar, protein etkileşim ağının mutasyon yoluyla çoğalma ve ıraksamaya dayanan evrimsel dinamiklerini ilkeli bir şekilde karakterize etmemizi sağlar. DMR modeli için tarihsel ata grafiklerini yeniden yapılandırmaya yönelik mevcut yaklaşımlar esas olarak açgözlü yaklaşımlara odaklanmakta ve optimal olmayan çözümlerle sonuçlanmaktadır. Bu çalışmada, DMR modeli üzerinden olasılık maksimizasyonu yoluyla tarihsel ÜFE grafiklerini yeniden yapılandırmak için yeni bir Tamsayılı Doğrusal Programlama (ILP) tabanlı formülasyon olan ILP-DMR'yi geliştirdik. BZIP transkripsiyon faktörleri ailelerinden proteinlerin sentetik geçmişinin yanı sıra optimal geçmişinin yeniden yapılandırılmasında yaklaşımımızın etkinliğini değerlendiriyoruz. Mevcut tekniklerle karşılaştırıldığında, ILP-DMR'miz tarafından döndürülen çözümlerin olasılığı daha yüksektir ve verilerdeki uyumsuzluğu ve gürültüyü modelleme konusunda daha dayanıklıdır. ILP-DMR ile elde edilen çözümlerin olasılığı mevcut yöntemlere göre daha yüksektir ve çözümlerimiz farklı çalışmaların biyolojik bulgularıyla daha iyi uyum göstermektedir. Veri kümelerimiz ve kodlarımız https://github.com/seferlab/dmrhistory adresinde mevcuttur.
DOI
10.1007/978-3-031-53499-7_38
Cilt
1142
