Yazar
Sefer, Emre
Basım Tarihi
2022-04-12
Basım Yeri
-
BioMed Merkez Ltd.
Konu
Kromatin organizasyonu, Hi-C, Micro-C, TAD arayanlar, Topolojik olarak ilişkilendirilen alanlar
Tür
Süreli Yayın
Dil
İngilizce
Dijital
Evet
Yazma
Hayır
Kütüphane
Özyeğin Üniversitesi
Demirbaş Numarası
1471-2105
Kayıt Numarası
8796860d-197d-456a-a130-4abcad41a98b
Lokasyon
Bilgisayar Bilimi
Tarih
2022-04-12
Örnek Metin
Arka Plan: Topolojik olarak ilişkili alanlar (TAD'ler), hücrede gen ekspresyonunun düzenlenmesinde de kritik bir rol oynayan, yerel olarak yüksek düzeyde etkileşime giren genom bölgeleridir. TAD'ler ilk olarak Yüksek Verimli Kromozom Konformasyonu Yakalama (Hi-C) etkileşim veri seti üzerinden 3 boyutlu genom yapısı araştırılırken tanımlandı. Hi-C etkileşim veri setinden TAD'leri çıkarmaya yönelik tekniklerin geliştirilmesi için önemli derecede çaba sarf edilmiştir. TAD çıkarımında kriterleri ve varsayımları farklılık gösteren birçok TAD çağırma yöntemi geliştirilmiştir. Buna bağlı olarak, bu arayanlar aracılığıyla çıkarılan TAD'ler hem benzerlikler hem de zenginleştikleri biyolojik özellikler açısından farklılık göstermektedir. Sonuç: Memeliler üzerinde 27 TAD çağırma yönteminin sistematik bir karşılaştırmasını gerçekleştirdik. TAD'leri çok yüksek çözünürlükte karşılaştırmak için Hi-C'nin yeni yüksek çözünürlüklü bir çeşidi olan Micro-C'yi kullanıyoruz ve yöntemleri 3 kategoriye ayırıyoruz: özellik tabanlı yöntemler, Kümeleme yöntemleri, Grafik bölümleme yöntemleri. TAD sınırlarını, bitişik TAD'ler arasındaki boşlukları ve TAD'lerin kalitesini çeşitli kriterlere göre değerlendirdik. Ayrıca köşe noktalı TAD'lerin oluşumunda özellikle CTCF ve Cohesin proteinlerinin etkili olduğunu gördük. TAD'ler için altın bir standart eksik olduğundan, arayanların performansını simüle edilmiş veri kümeleri üzerinde de değerlendirdik. TAD boyutları ve sayıları, TAD arayanları ve veri kümesi çözünürlükleri arasında önemli ölçüde değişiklik gösterir; bu, TAD'lerin ayrık bölgeler yerine hiyerarşik olarak organize edilmiş alanlar olduğunu gösterir. Özelliğe dayalı TAD arayanların çekirdek bir alt kümesi, aynı zamanda TAD ile ilgili biyolojik özellikler açısından zenginleştirilmiş olan tekrarlanabilir alanları çıkarırken düzenli olarak en iyi performansı gösterir. Sonuç: TAD çağırma yöntemlerinin temel prensiplerini analiz ettik ve memeliler üzerinde yüksek çözünürlüklü Mikro-C etkileşimi veri kümeleri üzerinden TAD çıkarımındaki mevcut durumu belirledik. Mikro-C veri kümelerinde TAD çağırma yöntemlerinin performansını değerlendirmek için sistematik, kapsamlı ve kısa bir çerçeve oluşturuyoruz. Araştırmamız, mevcut verilere, deneysel tasarıma ve ilgilenilen biyolojik soruya dayanarak TAD çıkarımı ve değerlendirmesi için uygun yöntemlerin seçilmesinde faydalı olacaktır. Ayrıca analizimizi kamuya açık kaynak koduyla bir kıyaslama aracı olarak sunuyoruz.
DOI
10.1186/s12859-022-04674-2
Cilt
23
