بازگشت به جستجو

مقایسه تماس گیرندگان دامنه از نظر توپولوژیکی نسبت به پستانداران در وضوح بالا

عنوان	مقایسه تماس گیرندگان دامنه از نظر توپولوژیکی نسبت به پستانداران در وضوح بالا
نویسنده	سفر، امره
تاریخ انتشار:	2022-04-12
محل انتشار	- BioMed Central Ltd
موضوع	سازمان کروماتین، Hi-C، Micro-C، تماس گیرندگان TAD، دامنه های مرتبط توپولوژیکی
نوع	دوره ای
زبان	انگلیسی
دیجیتال	بله
نسخه خطی	خیر
کتابخانه:	دانشگاه اوزیغین
شناسه دارایی کتابخانه	1471-2105
شماره ثبت	8796860d-197d-456a-a130-4abcad41a98b
محل کتابخانه	علوم کامپیوتر
تاریخ	2022-04-12
متن نمونه	زمینه: دامنه‌های مرتبط با توپولوژی (TADs) نواحی ژنومی با تعامل محلی هستند که نقش مهمی در تنظیم بیان ژن در سلول دارند. TADها برای اولین بار در حین بررسی ساختار ژنوم سه بعدی بر روی مجموعه داده تعاملی ضبط ترکیب کروموزوم با توان عملیاتی بالا (Hi-C) شناسایی شدند. میزان قابل توجهی از تلاش‌ها به توسعه تکنیک‌هایی برای استنباط TAD از مجموعه داده‌های تعامل Hi-C اختصاص یافته است. بسیاری از روش های فراخوانی TAD توسعه یافته اند که در معیارها و مفروضات خود در استنتاج TAD متفاوت هستند. به همین ترتیب، TADهای استنباط‌شده از طریق این تماس‌گیرندگان از نظر شباهت‌ها و ویژگی‌های بیولوژیکی که در آنها غنی شده‌اند، متفاوت است. ما از Micro-C، یک نوع جدید با وضوح بالا Hi-C، برای مقایسه TAD ها با وضوح بسیار بالا استفاده می کنیم و روش ها را به 3 دسته طبقه بندی می کنیم: روش های مبتنی بر ویژگی، روش های خوشه بندی، روش های پارتیشن بندی نمودار. ما مرزهای TAD، شکاف‌های بین TADهای مجاور و کیفیت TADها را در معیارهای مختلف ارزیابی کرده‌ایم. ما همچنین دریافتیم که پروتئین‌های CTCF و Cohesin در تشکیل TAD با نقاط گوشه مؤثر هستند. ما همچنین عملکرد تماس گیرندگان را در مجموعه داده های شبیه سازی شده ارزیابی کرده ایم زیرا استاندارد طلایی برای TAD ها وجود ندارد. اندازه ها و اعداد TAD به طور قابل توجهی بین تماس گیرندگان TAD و وضوح مجموعه داده ها تغییر می کند، که نشان می دهد TAD ها به جای مناطق مجزا، دامنه های سلسله مراتبی سازمان یافته هستند. یک زیرمجموعه اصلی از تماس‌گیرندگان TAD مبتنی بر ویژگی به طور منظم بهترین عملکرد را در حین استنباط دامنه‌های تکرارپذیر دارند، که همچنین برای خواص بیولوژیکی مرتبط با TAD غنی شده‌اند. نتیجه‌گیری: ما اصول اساسی روش‌های فراخوانی TAD را تجزیه و تحلیل کرده‌ایم و وضعیت موجود در استنتاج TAD را در مجموعه داده‌های تعامل Micro-C با وضوح بالا بر روی پستانداران شناسایی کرده‌ایم. ما یک چارچوب سیستماتیک، جامع و مختصر برای ارزیابی عملکرد روش‌های فراخوانی TAD در مجموعه داده‌های Micro-C ارائه می‌کنیم. پژوهش ما در انتخاب روش‌های مناسب برای استنتاج و ارزیابی TAD بر اساس داده‌های موجود، طراحی تجربی و سؤال بیولوژیکی مورد علاقه مفید خواهد بود. ما همچنین تجزیه و تحلیل خود را به عنوان یک ابزار معیار با کد منبع در دسترس عموم معرفی می کنیم.
DOI	10.1186/s12859-022-04674-2
Cilt	23

مشاهده در منبع دانشگاه اوزیغین دانشگاه اوزیغین - موتور جستجوی آثار تاریخی، آرشیوها و نشریات

دانشگاه اوزیغین

مقایسه تماس گیرندگان دامنه از نظر توپولوژیکی نسبت به پستانداران در وضوح بالا

نویسنده سفر، امره

تاریخ انتشار 2022-04-12

محل انتشار - BioMed Central Ltd

موضوع سازمان کروماتین، Hi-C، Micro-C، تماس گیرندگان TAD، دامنه های مرتبط توپولوژیکی

نوع دوره ای

زبان انگلیسی

دیجیتال بله

نسخه خطی خیر

کتابخانه دانشگاه اوزیغین

شناسه دارایی کتابخانه 1471-2105

شماره ثبت 8796860d-197d-456a-a130-4abcad41a98b

محل کتابخانه علوم کامپیوتر

تاریخ 2022-04-12

متن نمونه زمینه: دامنه‌های مرتبط با توپولوژی (TADs) نواحی ژنومی با تعامل محلی هستند که نقش مهمی در تنظیم بیان ژن در سلول دارند. TADها برای اولین بار در حین بررسی ساختار ژنوم سه بعدی بر روی مجموعه داده تعاملی ضبط ترکیب کروموزوم با توان عملیاتی بالا (Hi-C) شناسایی شدند. میزان قابل توجهی از تلاش‌ها به توسعه تکنیک‌هایی برای استنباط TAD از مجموعه داده‌های تعامل Hi-C اختصاص یافته است. بسیاری از روش های فراخوانی TAD توسعه یافته اند که در معیارها و مفروضات خود در استنتاج TAD متفاوت هستند. به همین ترتیب، TADهای استنباط‌شده از طریق این تماس‌گیرندگان از نظر شباهت‌ها و ویژگی‌های بیولوژیکی که در آنها غنی شده‌اند، متفاوت است. ما از Micro-C، یک نوع جدید با وضوح بالا Hi-C، برای مقایسه TAD ها با وضوح بسیار بالا استفاده می کنیم و روش ها را به 3 دسته طبقه بندی می کنیم: روش های مبتنی بر ویژگی، روش های خوشه بندی، روش های پارتیشن بندی نمودار. ما مرزهای TAD، شکاف‌های بین TADهای مجاور و کیفیت TADها را در معیارهای مختلف ارزیابی کرده‌ایم. ما همچنین دریافتیم که پروتئین‌های CTCF و Cohesin در تشکیل TAD با نقاط گوشه مؤثر هستند. ما همچنین عملکرد تماس گیرندگان را در مجموعه داده های شبیه سازی شده ارزیابی کرده ایم زیرا استاندارد طلایی برای TAD ها وجود ندارد. اندازه ها و اعداد TAD به طور قابل توجهی بین تماس گیرندگان TAD و وضوح مجموعه داده ها تغییر می کند، که نشان می دهد TAD ها به جای مناطق مجزا، دامنه های سلسله مراتبی سازمان یافته هستند. یک زیرمجموعه اصلی از تماس‌گیرندگان TAD مبتنی بر ویژگی به طور منظم بهترین عملکرد را در حین استنباط دامنه‌های تکرارپذیر دارند، که همچنین برای خواص بیولوژیکی مرتبط با TAD غنی شده‌اند. نتیجه‌گیری: ما اصول اساسی روش‌های فراخوانی TAD را تجزیه و تحلیل کرده‌ایم و وضعیت موجود در استنتاج TAD را در مجموعه داده‌های تعامل Micro-C با وضوح بالا بر روی پستانداران شناسایی کرده‌ایم. ما یک چارچوب سیستماتیک، جامع و مختصر برای ارزیابی عملکرد روش‌های فراخوانی TAD در مجموعه داده‌های Micro-C ارائه می‌کنیم. پژوهش ما در انتخاب روش‌های مناسب برای استنتاج و ارزیابی TAD بر اساس داده‌های موجود، طراحی تجربی و سؤال بیولوژیکی مورد علاقه مفید خواهد بود. ما همچنین تجزیه و تحلیل خود را به عنوان یک ابزار معیار با کد منبع در دسترس عموم معرفی می کنیم.

DOI 10.1186/s12859-022-04674-2

Cilt 23