مقارنة بين المتصلين بالمجال المرتبطين طوبولوجيًا بالثدييات بدقة عالية
| العنوان | مقارنة بين المتصلين بالمجال المرتبطين طوبولوجيًا بالثدييات بدقة عالية |
|---|---|
| المؤلف | سيفر، إمري |
| تاريخ النشر: | 2022-04-12 |
| مكان النشر | - بيوميد سنترال المحدودة |
| الموضوع | تنظيم الكروماتين، Hi-C، Micro-C، منادات TAD، مجالات الارتباط الطوبولوجية |
| النوع | دورية |
| اللغة | الإنجليزية |
| رقمي | نعم |
| مخطوط | لا |
| المكتبة: | جامعة اوزيجين |
| معرف أصل المكتبة | 1471-2105 |
| رقم السجل | 8796860d-197d-456a-a130-4abcad41a98b |
| موقع المكتبة | علوم الكمبيوتر |
| التاريخ | 2022-04-12 |
| نص عينة | الخلفية: المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs) هي مناطق جينومية شديدة التفاعل محليًا، والتي تلعب أيضًا دورًا حاسمًا في تنظيم التعبير الجيني في الخلية. تم التعرف على TADs لأول مرة أثناء التحقيق في بنية الجينوم ثلاثي الأبعاد عبر مجموعة بيانات تفاعل التقاط تكوين الكروموسوم عالي الإنتاجية (Hi-C). تم تكريس درجة كبيرة من الجهود لتطوير تقنيات لاستنتاج TADs من مجموعة بيانات التفاعل Hi-C. لقد تم تطوير العديد من أساليب استدعاء TAD والتي تختلف في معاييرها وافتراضاتها في استنتاج TAD. في المقابل، تختلف TADs المستنتجة عبر هؤلاء المتصلين من حيث أوجه التشابه والسمات البيولوجية التي تم إثرائها بها. النتيجة: لقد أجرينا مقارنة منهجية بين 27 طريقة لاستدعاء TAD على الثدييات. نحن نستخدم Micro-C، وهو متغير حديث عالي الدقة من Hi-C، لمقارنة TADs بدقة عالية جدًا، وتصنيف الطرق إلى 3 فئات: الأساليب القائمة على الميزات، وطرق التجميع، وطرق تقسيم الرسم البياني. لقد قمنا بتقييم حدود TADs والفجوات بين TADs المجاورة وجودة TADs عبر معايير مختلفة. لقد وجدنا أيضًا أن بروتينات CTCF وCohesin بشكل خاص فعالة في تكوين TADs ذات النقاط الزاوية. لقد قمنا أيضًا بتقييم أداء المتصلين على مجموعات البيانات المحاكاة نظرًا لعدم وجود معيار ذهبي لـ TADs. تتغير أحجام وأرقام TAD بشكل ملحوظ بين المتصلين TAD ودقة مجموعة البيانات، مما يشير إلى أن TADs عبارة عن نطاقات منظمة هرميًا، بدلاً من مناطق منفصلة. تؤدي مجموعة فرعية أساسية من مناديب TAD المستندة إلى الميزات أفضل أداء بشكل منتظم أثناء استنتاج المجالات القابلة للتكرار، والتي يتم إثراؤها أيضًا للخصائص البيولوجية المرتبطة بـ TAD. الاستنتاج: لقد قمنا بتحليل المبادئ الأساسية لطرق استدعاء TAD، وحددنا الوضع الحالي في استدلال TAD عبر مجموعات بيانات تفاعل Micro-C عالية الدقة على الثدييات. لقد توصلنا إلى إطار عمل منهجي وشامل وموجز لتقييم أداء أساليب استدعاء TAD عبر مجموعات بيانات Micro-C. سيكون بحثنا مفيدًا في اختيار الطرق المناسبة لاستدلال TAD وتقييمه استنادًا إلى البيانات المتاحة والتصميم التجريبي والسؤال البيولوجي محل الاهتمام. نقدم أيضًا تحليلنا كأداة قياس مع كود المصدر المتاح للجمهور. |
| DOI | 10.1186/s12859-022-04674-2 |
| Cilt | 23 |
