بازگشت به جستجو

تجزیه و تحلیل مشترک SQTL و HI-C نزدیکی فضایی بین SQTLS و ژن های هدف را در چندین بافت نشان می دهد.

عنوان	تجزیه و تحلیل مشترک SQTL و HI-C نزدیکی فضایی بین SQTLS و ژن های هدف را در چندین بافت نشان می دهد.
نویسنده	ارالپ، باتوهان
تاریخ انتشار:	2024-08-30T14:54:36Z
موضوع	ژن سرطان، سرطان، جنبه های ژنتیکی، ژنتیک، پردازش داده ها، ژنومیک، هوش مصنوعی
نوع	سند
زبان	انگلیسی
دیجیتال	بله
نسخه خطی	خیر
کتابخانه:	دانشگاه اوزیغین
شماره ثبت	738f75ab-0c5f-4b91-8f1d-b9ccb602e55c
محل کتابخانه	دپارتمان هوش مصنوعی
تاریخ	2024-08-30T14:54:36Z
متن نمونه	بیان و تنظیم ژن با یا بدون پیرایش جایگزین برای عملکرد مناسب بافت ها و سلول ها بسیار مهم است. آنها از سه منظر تقریباً مستقل در سطح ژنوم مورد مطالعه قرار گرفته‌اند: 1- شناسایی جایگاه‌های کمی صفت (sQTLs)، 2- بیان جایگاه‌های صفت کمی (eQTLs) و 3- تشخیص کروماتین فیزیکی با برد بلندتر که برهمکنش‌های بین سلول‌های بافت و بخش‌های ژنومی را مدل‌سازی می‌کند. حتی اگر ارتباط بین eQTLها و فعل و انفعالات کروماتین با برد بلندتر قبلاً مورد مطالعه قرار گرفته است، رابطه مشابه بین sQTLها و تعاملات کروماتین قبلاً تجزیه و تحلیل نشده است. در این مورد، تجزیه و تحلیل اینکه آیا sQTL ها پیوند جایگزین mRNA ژن های هدف خود را از طریق بخش های ژنومی با تعامل فیزیکی کنترل می کنند بسیار مهم است. حتی اگر فعل و انفعالات کروماتین بخشی از فرآیندهای اصلی حاکم بر عملکرد eQTL ها هستند، تجزیه و تحلیل مشابه از دیدگاه sQTL وجود ندارد. ما به طور مشترک مجموعه داده‌های sQTL و ضبط ترکیب کروماتین با کارایی بالا را بر روی 8 بافت مختلف سرطان انسانی تجزیه و تحلیل کرده‌ایم. ما وجود ارتباط مثبت بین تعداد ژن‌های دارای sQTL و فرکانس تعامل کروماتین را کشف کرده‌ایم. چنین ارتباط مثبتی زمانی وجود دارد که ما eQTL را نیز کنترل کنیم. علاوه بر این، sQTLها و ژن‌های هدف آن‌ها عموماً در یک دامنه مرتبط توپولوژیکی یکسان (TAD) وجود دارند. این یافته‌ها در کل مجموعه انواع سرطان تحلیل‌شده و زیر مجموعه‌های عملکردی مختلف مجموعه داده‌های sQTL مانند sQTL‌های مرتبط با بقا مشاهده می‌شوند. علاوه بر این، sQTLهای بافتی خاص از نظر آماری در مناطق متقابل مکرر بافت خاص (FIREs) در 6 بافت از 8 بافت سرطانی انسان (لوسمی میلوئید مزمن، آدنوکارسینوم کولون، لوسمی میلوئید حاد، آدنوکارسینوم ریه، سرطان پروستات، سارکوم) غنی می شوند. iv مجموعه داده‌های sQTL و Hi-C ما، وجود فاصله فضایی نزدیک‌تر بین sQTL و ژن‌های هدف آن‌ها را با اتصال جایگزین احتمالی در تعدادی از انواع مختلف سرطان در انسان نشان داده‌اند. چنین فاصله فضایی نزدیک تری نیز مستقل از اینکه آیا eQTL ها را در تجزیه و تحلیل ادغام کنیم وجود دارد. ما دریافتیم که sQTLها پیرایش جایگزین را از طریق فعل و انفعالات کروماتین تنظیم می کنند. Genom d¨uzeyinde, bu konular genellikle ¨u¸c ayrı perspektiften incelenir: 1- Splicing niceliksel ¨ozellik lokuslarının (sQTL’lerin) tanınması, 2- ˙Ifade niceliksel ¨ozellik lukusların’ Genom segmentleri arasındaki daha uzun mesafeli fiziksel kromatin etkile¸simlerinin (Hi-C verileriyle modelledi˘gi) h¨ucre ve dokuların ¨u¸c boyutlu dinamiklerini tanımlama. داها ¨یک بار eQTL'ler ile daha uzun mesafeli kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler ¸calı¸sılmı¸s olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler ادیلمی ¸ هم بزنید. Bu durumda، sQTL’lerin hedef genlerinin mRNA’sının splicingini fiziksel olarak etkile¸sen genom segmentleri aracılı˘gıyla kontrol edip etmedi˘gini analiz etmek ¨onemlidir. کروماتین اتکیله¸سیملری، eQTL'lerin i¸sleyi¸sini y¨oneten تمل s¨ure¸کلرین بیر par¸cası olmasına را˘gmen، benzer بیر آنالیز sQTL'lerin perspektifinden eksiktir. Biz 8 farklı insan kanser dokusunda y¨uksek ¸cıktılı kromatin konformasyon yakalama (Hi-C) و sQTL veri setlerini birlikte analiz ettik. SQTL’lere sahip gen sayısı ile kromatin etkile¸sim sıklı˘gı arasında pozitif bir ili¸skinin varlı˘gını ke¸sfettik. Bu pozitif ili¸ski, eQTL’leri de kontrol etti˘gimizde hala mevcuttur. Ayrıca, sQTL’ler ve hedef genler genellikle aynı topolojik ili¸skili alanlarda (TAD) bulunmaktadır. Bu bulgular, analiz edilen kanser tiplerinin t¨um k¨umesi ve hayatta kalım ile ilgili sQTL’ler gibi farklı functionel alt k¨umeleri ¨uzerinde g¨ozlenmektedir. Ayrıca، doku ¨ozg¨u sQTL'ler، 8 insan kanser dokusunun 6'sında (Kronik Myeloid L¨osemi، Kolon Adenokarsinomu، Akut Myeloid L¨osemi، Akci˘ger Adenokarsinomu، Prostat Kanseri¨sıkıkösında) دو b¨olgelerde (FIRE’lar) istatistiksel olarak zenginle¸stirilmi¸stir. sQTL و Hi-C veri setlerimiz، insanlarda farklı kanser tiplerinde splicing olasılı˘gına sahip sQTL’lerin و هدف جنلرین داها یاکین بیر مکانسال مسافده بولوندو گونو گ¨استرمکتدیر. Bu daha yakın mekansal mesafe, eQTL’leri analize dahil edip etmememize ba˘glı olarak da mevcuttur. sQTL’lerin alternatif splicing’i kromatin etkile¸simleri aracılı˘gıyla d¨uzenledi˘gini bulduk.

مشاهده در منبع دانشگاه اوزیغین دانشگاه اوزیغین - موتور جستجوی آثار تاریخی، آرشیوها و نشریات

دانشگاه اوزیغین

تجزیه و تحلیل مشترک SQTL و HI-C نزدیکی فضایی بین SQTLS و ژن های هدف را در چندین بافت نشان می دهد.

نویسنده ارالپ، باتوهان

تاریخ انتشار 2024-08-30T14:54:36Z

موضوع ژن سرطان، سرطان، جنبه های ژنتیکی، ژنتیک، پردازش داده ها، ژنومیک، هوش مصنوعی

نوع سند

زبان انگلیسی

دیجیتال بله

نسخه خطی خیر

کتابخانه دانشگاه اوزیغین

شماره ثبت 738f75ab-0c5f-4b91-8f1d-b9ccb602e55c

محل کتابخانه دپارتمان هوش مصنوعی

تاریخ 2024-08-30T14:54:36Z

متن نمونه بیان و تنظیم ژن با یا بدون پیرایش جایگزین برای عملکرد مناسب بافت ها و سلول ها بسیار مهم است. آنها از سه منظر تقریباً مستقل در سطح ژنوم مورد مطالعه قرار گرفته‌اند: 1- شناسایی جایگاه‌های کمی صفت (sQTLs)، 2- بیان جایگاه‌های صفت کمی (eQTLs) و 3- تشخیص کروماتین فیزیکی با برد بلندتر که برهمکنش‌های بین سلول‌های بافت و بخش‌های ژنومی را مدل‌سازی می‌کند. حتی اگر ارتباط بین eQTLها و فعل و انفعالات کروماتین با برد بلندتر قبلاً مورد مطالعه قرار گرفته است، رابطه مشابه بین sQTLها و تعاملات کروماتین قبلاً تجزیه و تحلیل نشده است. در این مورد، تجزیه و تحلیل اینکه آیا sQTL ها پیوند جایگزین mRNA ژن های هدف خود را از طریق بخش های ژنومی با تعامل فیزیکی کنترل می کنند بسیار مهم است. حتی اگر فعل و انفعالات کروماتین بخشی از فرآیندهای اصلی حاکم بر عملکرد eQTL ها هستند، تجزیه و تحلیل مشابه از دیدگاه sQTL وجود ندارد. ما به طور مشترک مجموعه داده‌های sQTL و ضبط ترکیب کروماتین با کارایی بالا را بر روی 8 بافت مختلف سرطان انسانی تجزیه و تحلیل کرده‌ایم. ما وجود ارتباط مثبت بین تعداد ژن‌های دارای sQTL و فرکانس تعامل کروماتین را کشف کرده‌ایم. چنین ارتباط مثبتی زمانی وجود دارد که ما eQTL را نیز کنترل کنیم. علاوه بر این، sQTLها و ژن‌های هدف آن‌ها عموماً در یک دامنه مرتبط توپولوژیکی یکسان (TAD) وجود دارند. این یافته‌ها در کل مجموعه انواع سرطان تحلیل‌شده و زیر مجموعه‌های عملکردی مختلف مجموعه داده‌های sQTL مانند sQTL‌های مرتبط با بقا مشاهده می‌شوند. علاوه بر این، sQTLهای بافتی خاص از نظر آماری در مناطق متقابل مکرر بافت خاص (FIREs) در 6 بافت از 8 بافت سرطانی انسان (لوسمی میلوئید مزمن، آدنوکارسینوم کولون، لوسمی میلوئید حاد، آدنوکارسینوم ریه، سرطان پروستات، سارکوم) غنی می شوند. iv مجموعه داده‌های sQTL و Hi-C ما، وجود فاصله فضایی نزدیک‌تر بین sQTL و ژن‌های هدف آن‌ها را با اتصال جایگزین احتمالی در تعدادی از انواع مختلف سرطان در انسان نشان داده‌اند. چنین فاصله فضایی نزدیک تری نیز مستقل از اینکه آیا eQTL ها را در تجزیه و تحلیل ادغام کنیم وجود دارد. ما دریافتیم که sQTLها پیرایش جایگزین را از طریق فعل و انفعالات کروماتین تنظیم می کنند. Genom d¨uzeyinde, bu konular genellikle ¨u¸c ayrı perspektiften incelenir: 1- Splicing niceliksel ¨ozellik lokuslarının (sQTL’lerin) tanınması, 2- ˙Ifade niceliksel ¨ozellik lukusların’ Genom segmentleri arasındaki daha uzun mesafeli fiziksel kromatin etkile¸simlerinin (Hi-C verileriyle modelledi˘gi) h¨ucre ve dokuların ¨u¸c boyutlu dinamiklerini tanımlama. داها ¨یک بار eQTL'ler ile daha uzun mesafeli kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler ¸calı¸sılmı¸s olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler ادیلمی ¸ هم بزنید. Bu durumda، sQTL’lerin hedef genlerinin mRNA’sının splicingini fiziksel olarak etkile¸sen genom segmentleri aracılı˘gıyla kontrol edip etmedi˘gini analiz etmek ¨onemlidir. کروماتین اتکیله¸سیملری، eQTL'lerin i¸sleyi¸sini y¨oneten تمل s¨ure¸کلرین بیر par¸cası olmasına را˘gmen، benzer بیر آنالیز sQTL'lerin perspektifinden eksiktir. Biz 8 farklı insan kanser dokusunda y¨uksek ¸cıktılı kromatin konformasyon yakalama (Hi-C) و sQTL veri setlerini birlikte analiz ettik. SQTL’lere sahip gen sayısı ile kromatin etkile¸sim sıklı˘gı arasında pozitif bir ili¸skinin varlı˘gını ke¸sfettik. Bu pozitif ili¸ski, eQTL’leri de kontrol etti˘gimizde hala mevcuttur. Ayrıca, sQTL’ler ve hedef genler genellikle aynı topolojik ili¸skili alanlarda (TAD) bulunmaktadır. Bu bulgular, analiz edilen kanser tiplerinin t¨um k¨umesi ve hayatta kalım ile ilgili sQTL’ler gibi farklı functionel alt k¨umeleri ¨uzerinde g¨ozlenmektedir. Ayrıca، doku ¨ozg¨u sQTL'ler، 8 insan kanser dokusunun 6'sında (Kronik Myeloid L¨osemi، Kolon Adenokarsinomu، Akut Myeloid L¨osemi، Akci˘ger Adenokarsinomu، Prostat Kanseri¨sıkıkösında) دو b¨olgelerde (FIRE’lar) istatistiksel olarak zenginle¸stirilmi¸stir. sQTL و Hi-C veri setlerimiz، insanlarda farklı kanser tiplerinde splicing olasılı˘gına sahip sQTL’lerin و هدف جنلرین داها یاکین بیر مکانسال مسافده بولوندو گونو گ¨استرمکتدیر. Bu daha yakın mekansal mesafe, eQTL’leri analize dahil edip etmememize ba˘glı olarak da mevcuttur. sQTL’lerin alternatif splicing’i kromatin etkile¸simleri aracılı˘gıyla d¨uzenledi˘gini bulduk.