المؤلف
إيرالب، باتوهان
تاريخ النشر
2024-08-30T14:54:36Z
الموضوع
جينات السرطان، السرطان، الجوانب الوراثية، علم الوراثة، معالجة البيانات، علم الجينوم، الذكاء الاصطناعي
النوع
وثيقة
اللغة
الإنجليزية
رقمي
نعم
مخطوط
لا
المكتبة
جامعة اوزيجين
رقم السجل
738f75ab-0c5f-4b91-8f1d-b9ccb602e55c
موقع المكتبة
قسم الذكاء الاصطناعي
التاريخ
2024-08-30T14:54:36Z
نص عينة
يعد التعبير الجيني وتنظيمه مع أو بدون الربط البديل أمرًا ضروريًا لكي تعمل الأنسجة والخلايا بشكل صحيح. تمت دراستها من ثلاث وجهات نظر مستقلة تقريبًا على مستوى الجينوم: 1- التعرف على مواقع السمات الكمية (sQTLs)، 2- التعرف على مواقع السمات الكمية (eQTLs)، و3- التعرف على تفاعلات الكروماتين الفيزيائية طويلة المدى بين أجزاء الجينوم التي تمثل ديناميكيات ثلاثية الأبعاد للخلايا والأنسجة. على الرغم من أن الارتباطات بين eQTLs وتفاعلات الكروماتين الأطول مدى قد تمت دراستها مسبقًا، إلا أن العلاقة المماثلة بين sQTLs وتفاعلات الكروماتين لم يتم تحليلها مسبقًا. في هذه الحالة، من المهم تحليل ما إذا كانت sQTLs تتحكم في الربط البديل لجيناتها المستهدفة mRNA عبر شرائح الجينوم المتفاعلة جسديًا. على الرغم من أن تفاعلات الكروماتين هي جزء من العمليات الرئيسية التي تحكم عمل eQTLs، إلا أن التحليل المماثل مفقود من منظور sQTLs. لقد قمنا بتحليل مشترك لالتقاط تشكيل الكروماتين عالي الإنتاجية (HiC) ومجموعات بيانات sQTL على 8 أنسجة سرطانية بشرية مختلفة. لقد اكتشفنا وجود ارتباط إيجابي بين عدد الجينات التي تحتوي على sQTLs وتكرار تفاعل الكروماتين. لا يزال هذا الارتباط الإيجابي موجودًا عندما نتحكم أيضًا في eQTLs. بالإضافة إلى ذلك، توجد sQTLs والجينات المستهدفة بشكل عام داخل مجال ربط طوبولوجي متطابق (TAD). وقد لوحظت هذه النتائج على مجموعة كاملة من أنواع السرطان التي تم تحليلها وعلى مجموعات فرعية وظيفية مختلفة من مجموعة بيانات sQTL مثل sQTLs المرتبطة بالبقاء. علاوة على ذلك، يتم إثراء sQTLs الخاصة بالأنسجة إحصائيًا في المناطق المتفاعلة بشكل متكرر الخاصة بالأنسجة (FIREs) في 6 من أصل 8 أنسجة سرطانية بشرية (سرطان الدم النخاعي المزمن، سرطان القولون الغدي، سرطان الدم النخاعي الحاد، سرطان الرئة الغدي، سرطان البروستاتا، ساركوما). iv أظهرت مجموعات بيانات sQTL وHi-C الخاصة بنا وجود مسافة مكانية أقرب بين sQTLs وجيناتها المستهدفة مع الربط البديل المحتمل عبر عدد من أنواع السرطان المختلفة لدى الإنسان. توجد هذه المسافة المكانية الأقرب أيضًا بشكل مستقل عما إذا كنا ندمج eQTLs في التحليل. لقد وجدنا أن sQTLs تنظم الربط البديل من خلال تفاعلات الكروماتين. الجينوم d¨uzeyinde، bu konular genellikle ¨u¸c ayrı perspektiften incelenir: 1- Splicing Niceliksel ¨ozellik lokuslarının (sQTL'lerin) tanınması، 2- ˙Ifade Niceliksel ¨ozellik lokuslarının (eQTL'lerin) tanınması, ve 3- Genom sectionleri arasındaki daha uzun mesafeli fiziksel kromatin etkile¸simlerinin (Hi-C verileriyle modelledi˘gi) h¨ucre ve dokuların ¨u¸c boyutlu dinamiklerini tanımlama. Daha ¨nce eQTL'ler ile daha uzun mesafeli kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler ¸calı¸sılmı¸s olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkile¸simleri arasındaki benzer ili¸ski hen¨uz analiz edilmemi¸stir. من خلال هذا، تقوم sQTL بدمج جينات mRNA في عملية الربط وتقسيم الجينوم والتحكم في edip etmedi˘gini analiz etmek ¨onemlidir. كروماتين متشابه، eQTL’lerin i¸sleyi¸sini temel ure¸clerin bir par¸cası olmasına ra˘gmen، benzer bir analiz sQTL’lerin perspektifinden eksiktir. 8 ميزات أساسية لتحليل الكروماتين (Hi-C) وتحليل sQTL الحقيقي. SQTL're sahip gen sayısı ile kromatin etkile¸sim sıklı˘gı arasında pozitif bir ili¸kinin varlı˘gını ke¸sfettik. Buzitif ili¸ski, eQTL’leri de control etti˘gimizde hala mevcuttur. بالإضافة إلى ذلك، فإن sQTL هي أحد أفضل طوبولوجيات الحوسبة السحابية (TAD) والمصممة بشكل عام. بشكل عام، قم بتحليل المزيد من التفاصيل حول أعمالك وحياتك مثل sQTL'ler gibi funksiyonel alt k¨umeleri ¨uzerinde g¨ozlenmektedir. Ayrıca, doku ¨ozg¨u sQTL'ler, 8 insan kanser dokusunun 6'sında (Kronik Myeloid L¨osemi, Kolon Adenokarsinomu, Akut Myeloid L¨osemi, Akci˘ger Adenokarsinomu, Prostat Kanseri, Sarkom) doku ¨ozg¨u sık etkile¸sen statistiksel olarak zenginle¸stirilmi¸stir. تم ضبط sQTL وHi-C بالفعل، مما يتيح لك إمكانية استخدام طرق الربط الرائعة من خلال sQTL'lerin وتكوين أجيال جديدة من خلال عملية ربط ميكانيكية. Bu daha yakın mekansal mesafe, eQTL’leri analize dahil edip etmememize ba˘glı olarak da mevcuttur. sQTL’lerin Alternatif Splicing’i kromatin etkile¸simleri aracılı˘gıyla d¨uzenledi˘gini bulduk.
