Yazar
Eralp, Batuhan
Basım Tarihi
2024-08-30T14:54:36Z
Konu
Kanser genleri, Kanser, Genetik yönler, Genetik, Veri işleme, Genomik, Yapay zeka
Tür
Belge
Dil
İngilizce
Dijital
Evet
Yazma
Hayır
Kütüphane
Özyeğin Üniversitesi
Kayıt Numarası
738f75ab-0c5f-4b91-8f1d-b9ccb602e55c
Lokasyon
Yapay Zeka Bölümü
Tarih
2024-08-30T14:54:36Z
Örnek Metin
Alternatif birleştirme olsun veya olmasın gen ekspresyonu ve düzenlenmesi, dokuların ve hücrelerin düzgün çalışması için çok önemlidir. Bunlar genom seviyesinde neredeyse bağımsız üç perspektiften incelenmiştir: 1- Ekleme kantitatif özellik lokuslarının (sQTL'ler) tanınması, 2- İfade kantitatif özellik lokuslarının (eQTL'ler) tanınması ve 3- Hücrelerin ve dokuların 3 boyutlu dinamiklerini modelleyen genom bölümleri arasındaki daha uzun menzilli fiziksel kromatin etkileşimlerinin tanınması. Her ne kadar eQTL'ler ile daha uzun menzilli kromatin etkileşimleri arasındaki ilişkiler daha önce çalışılmış olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkileşimleri arasındaki benzer ilişki daha önce analiz edilmemiştir. Bu durumda, sQTL'lerin, hedef gen mRNA'larının fiziksel olarak etkileşime giren genom bölümleri aracılığıyla alternatif birleşmesini kontrol edip etmediğini analiz etmek çok önemlidir. Kromatin etkileşimleri eQTL'lerin işleyişini yöneten temel süreçlerin bir parçası olsa da, sQTL'ler açısından benzer analizler eksik. 8 farklı insan kanser dokusu üzerinde yüksek verimli kromatin konformasyon yakalama (HiC) ve sQTL veri kümelerini ortak olarak analiz ettik. SQTL'lere sahip genlerin sayısı ile kromatin etkileşim sıklığı arasında pozitif ilişkinin varlığını keşfettik. Bu pozitif ilişki, eQTL'leri de kontrol ettiğimizde hala mevcuttur. Ek olarak, sQTL'ler ve bunların hedef genleri genellikle aynı topolojik olarak ilişkili alan (TAD) içinde bulunur. Bu bulgular, analiz edilen kanser türlerinin tamamında ve hayatta kalmayla ilişkili sQTL'ler gibi sQTL veri kümesinin farklı işlevsel alt kümelerinde gözlemlendi. Ayrıca dokuya özgü sQTL'ler, 8 insan kanser dokusundan 6'sında (Kronik Miyeloid Lösemi, Kolon Adenokarsinom, Akut Miyeloid Lösemi, Akciğer Adenokarsinomu, Prostat Kanseri, Sarkom) dokuya özgü sık etkileşime giren bölgelerde (FIRE'ler) istatistiksel olarak zenginleştirilmiştir. iv SQTL ve Hi-C veri kümelerimiz, sQTL'ler ile hedef genleri arasında daha yakın uzaysal mesafenin varlığını ve insandaki bir dizi farklı kanser türü arasında olası alternatif birleştirmenin varlığını göstermiştir. Bu kadar yakın uzaysal mesafe, eQTL'leri analize entegre edip etmememizden bağımsız olarak da mevcuttur. SQTL'lerin alternatif eklemeyi kromatin etkileşimleri yoluyla düzenlediğini bulduk. Genom d¨uzeyinde, bu konular genellikle ¨u¸c ayrı perspektiften incelenir: 1- Splicing niceliksel ¨özellik lokuslarının (sQTL’lerin) kayıtlı, 2- ˙Ifade niceliksel ¨özellik lokuslarının (eQTL’lerin) taraması, ve 3- Genom segmentleri arasındaki mesafe daha uzun mesafeli fiziksel kromatin etkile¸simlerinin (Hi-C verileriyle) modelledi˘gi) h¨ucre ve dokuların ¨u¸c boyutlu dinamiklerini tanımlar. Daha ¨once eQTL'ler ile daha uzun mesafeli kromatin etkile¸simleri arasındaki ili¸skiler calı¸sılmıs olsa da, sQTL'ler ile kromatin etkile¸simleri arasındaki benzer ili¸ski hen¨uz analiz edilmemi¸stirilir. Bu durumda, sQTL'lerin hedef genlerinin mRNA'sının splicingini fiziksel olarak etkilesen genom segmentleri aracılılığıyla kontrol edip etmediğini analiz etmek tekemlidir. Kromatin etkile¸simleri, eQTL'lerin i¸sleyi¸sini y¨oneten temel sureclerin bir par¸cası olması ra˘gmen, benzer bir analiz sQTL'lerin perspektifinden eksiktir. Biz 8 farklı insan kanser dokusunda yuksek ¸cıktılı kromatin konformasyon yakalama (Hi-C) ve sQTL veri setlerini birlikte analiz ettik. SQTL'lere sahip gen sayıları ile kromatin etkile¸sim sıklı˘gı arasında pozitif bir ili¸skinin varlı˘gını ke¸sfettik. Bu pozitif ilişkiler, eQTL’leri de kontrol ettiğimizde hala mevcuttur. Ayrıca, sQTL'ler ve hedef genler genellikle aynı topolojik iliskili alanlar (TAD) bulunmaktadır. Bu bulgular, analiz edilen kanser tiplerinin tüm kümesi ve hayatta kalma kalım ile ilgili sQTL’ler gibi farklı fonksiyonel alt küumeleri “uzerinde gözlenmektedir. Ayrıca, doku ¨ozg¨u sQTL’ler, 8 insan kanser dokusunun 6’sında (Kronik Myeloid L¨osemi, Kolon Adenokarsinomu, Akut Myeloid L¨osemi, Akciger Adenokarsinomu, Prostat Kanseri, Sarkom) doku ¨ozg¨u sık etkile¸sen b¨olgelerde (FIRE’lar) olarak zenginle¸stirilmi¸stırın. sQTL ve Hi-C veri setlerimiz, gerçekleştirilecek farklı kanser tiplerinde ekleme olasılıgına sahip sQTL'lerin ve hedef genlerin daha yakın bir mekansal mesafede bulunmasıgunu sağlamaktadır. Bu daha yakın mekansal mesafe, eQTL’leri analize dahil edip etmememize bağlı olarak da mevcuttur. sQTL'lerin alternatif splicing'i kromatin etkile¸simleri aracılı˘gıyla d¨uzenledi˘ginde çözüm.
