وضع العلامات المترية والتضمين شبه المتري للتنبؤ بتعليقات البروتين
| العنوان | وضع العلامات المترية والتضمين شبه المتري للتنبؤ بتعليقات البروتين |
|---|---|
| المؤلف | سيفر، إمري، كينغسفورد، سي. |
| تاريخ النشر: | 2021-05-01 |
| مكان النشر | - ماري آن ليبرت، وشركة |
| الموضوع | علم الجينات، الوسم المتري، التنبؤ بوظيفة البروتين |
| النوع | دورية |
| اللغة | الإنجليزية |
| رقمي | نعم |
| مخطوط | لا |
| المكتبة: | جامعة اوزيجين |
| معرف أصل المكتبة | 1066-5277, 1066-5277 |
| رقم السجل | 5cb0f7ff-5992-4bfa-8d41-3b76567cb575 |
| موقع المكتبة | علوم الكمبيوتر |
| التاريخ | 2021-05-01 |
| نص عينة | لقد نجحت التقنيات الحسابية في التنبؤ بوظيفة البروتين من البيانات العلائقية (التفاعلات الوظيفية أو الفيزيائية). وقد تم استخدام هذه التقنيات لتوليد الفرضيات وتوجيه التحقق التجريبي. مع استثناءات قليلة، يتم تصميم المهمة على أنها مسائل تصنيف متعددة التسمية حيث يتم التعامل مع التسميات (الوظائف) بشكل مستقل أو شبه مستقل. ومع ذلك، توفر قواعد البيانات مثل علم الجينات معلومات حول أوجه التشابه بين الوظائف. نحن نستكشف استخدام مشكلة التحسين التوافقي لوضع العلامات المترية للاستفادة من المسافات المحسوبة إرشاديًا بين الوظائف لإجراء تنبؤات أكثر دقة لوظيفة البروتين في الشبكات المستمدة من كل من التفاعلات المادية ومجموعة من أنواع البيانات الأخرى. للقيام بذلك، نقدم تقنية جديدة (تعتمد على التحسين المحدب) لتحويل المسافات شبه المترية الإرشادية إلى متري مع الحد الأدنى من التشوه التربيعي الأصغر (LSD). يظهر أن أسلوب وضع العلامات المترية يتفوق على خمس تقنيات موجودة لاستنتاج الوظيفة من الشبكات. تشير هذه النتائج إلى أن وضع العلامات المترية مفيد للتنبؤ بوظيفة البروتين، وأن تقليل LSD يمكن أن يساعد في حل مشكلة تحويل المسافات الإرشادية إلى قياس. |
| DOI | 10.1089/cmb.2020.0425 |
| Cilt | 28 |
