بازسازی بهینه دینامیک تکامل نمودار برای مدل‌های مبتنی بر تکرار

عنوان بازسازی بهینه دینامیک تکامل نمودار برای مدل‌های مبتنی بر تکرار
نویسنده گیلمور، س.، سیفر، امره
تاریخ انتشار: 2024-02-29
محل انتشار - Springer Nature
موضوع PPI، بازسازی تاریخ اجدادی، تکرار-جهش با جهش تصادفی، DMR
نوع سند
زبان انگلیسی
دیجیتال بله
نسخه خطی خیر
کتابخانه: دانشگاه اوزیغین
شناسه دارایی کتابخانه 1860-949X
شماره ثبت e5a6dd92-74ba-49c8-9de5-9c9f2425f06d
محل کتابخانه علوم کامپیوتر
تاریخ 2024-02-29
متن نمونه تحقیق بر روی تکامل شبکه بیولوژیکی و مدل‌های رشد نمودار، مانند مدل تکراری-جهش با جهش تصادفی (DMR)، ما را قادر می‌سازد تا پویایی تکاملی شبکه تعامل پروتئینی را که مبتنی بر تکرار و واگرایی از طریق جهش است، به روشی اصولی توصیف کنیم. رویکردهای موجود برای بازسازی نمودارهای اجدادی تاریخی برای مدل DMR عمدتاً بر رویکردهای حریصانه تمرکز می‌کنند و به راه‌حل‌های غیربهینه منجر می‌شوند. در این مطالعه، ما با ILP-DMR، یک فرمول جدید مبتنی بر برنامه‌ریزی خطی عدد صحیح (ILP)، برای بازسازی نمودارهای PPI تاریخی با حداکثر کردن احتمال بر مدل DMR، می‌رسیم. ما اثربخشی رویکرد خود را در بازسازی تاریخچه مصنوعی و همچنین تاریخچه بهینه پروتئین‌ها از خانواده فاکتورهای رونویسی bZIP ارزیابی می‌کنیم. در مقایسه با تکنیک‌های موجود، راه‌حل‌هایی که توسط ILP-DMR ما بازگردانده می‌شوند، احتمال بیشتری دارند و برای عدم تطابق مدل و نویز در داده‌ها قوی‌تر هستند. محلول های استخراج شده توسط ILP-DMR احتمال بیشتری نسبت به روش های موجود دارند و راه حل های ما بهتر با یافته های بیولوژیکی مطالعات مختلف مطابقت دارند. مجموعه داده ها و کد ما در https://github.com/seferlab/dmrhistory موجود است.
DOI 10.1007/978-3-031-53499-7_38
Cilt 1142
مشاهده در منبع دانشگاه اوزیغین دانشگاه اوزیغین - موتور جستجوی آثار تاریخی، آرشیوها و نشریات
دانشگاه اوزیغین - موتور جستجوی آثار تاریخی، آرشیوها و نشریات دانشگاه اوزیغین

بازسازی بهینه دینامیک تکامل نمودار برای مدل‌های مبتنی بر تکرار

نویسنده گیلمور، س.، سیفر، امره
تاریخ انتشار 2024-02-29
محل انتشار - Springer Nature
موضوع PPI، بازسازی تاریخ اجدادی، تکرار-جهش با جهش تصادفی، DMR
نوع سند
زبان انگلیسی
دیجیتال بله
نسخه خطی خیر
کتابخانه دانشگاه اوزیغین
شناسه دارایی کتابخانه 1860-949X
شماره ثبت e5a6dd92-74ba-49c8-9de5-9c9f2425f06d
محل کتابخانه علوم کامپیوتر
تاریخ 2024-02-29
متن نمونه تحقیق بر روی تکامل شبکه بیولوژیکی و مدل‌های رشد نمودار، مانند مدل تکراری-جهش با جهش تصادفی (DMR)، ما را قادر می‌سازد تا پویایی تکاملی شبکه تعامل پروتئینی را که مبتنی بر تکرار و واگرایی از طریق جهش است، به روشی اصولی توصیف کنیم. رویکردهای موجود برای بازسازی نمودارهای اجدادی تاریخی برای مدل DMR عمدتاً بر رویکردهای حریصانه تمرکز می‌کنند و به راه‌حل‌های غیربهینه منجر می‌شوند. در این مطالعه، ما با ILP-DMR، یک فرمول جدید مبتنی بر برنامه‌ریزی خطی عدد صحیح (ILP)، برای بازسازی نمودارهای PPI تاریخی با حداکثر کردن احتمال بر مدل DMR، می‌رسیم. ما اثربخشی رویکرد خود را در بازسازی تاریخچه مصنوعی و همچنین تاریخچه بهینه پروتئین‌ها از خانواده فاکتورهای رونویسی bZIP ارزیابی می‌کنیم. در مقایسه با تکنیک‌های موجود، راه‌حل‌هایی که توسط ILP-DMR ما بازگردانده می‌شوند، احتمال بیشتری دارند و برای عدم تطابق مدل و نویز در داده‌ها قوی‌تر هستند. محلول های استخراج شده توسط ILP-DMR احتمال بیشتری نسبت به روش های موجود دارند و راه حل های ما بهتر با یافته های بیولوژیکی مطالعات مختلف مطابقت دارند. مجموعه داده ها و کد ما در https://github.com/seferlab/dmrhistory موجود است.
DOI 10.1007/978-3-031-53499-7_38
Cilt 1142
دانشگاه اوزیغین - موتور جستجوی آثار تاریخی، آرشیوها و نشریات
دانشگاه اوزیغین شما در حال هدایت مجدد هستید...

لطفاً صبر کنید